Un grupo llamado los kanuri migró hacia el área de Kanem durante el siglo XII y hacia el siglo XIII comenzaron a conquistar tierras vecinas. La mayor expansión ocurrió bajo el reinado del Mai Dunama Dibbalemi de la dinastía Sefuwa, quien reinó de 1221 a 1259. Él fue el primero de los kanuri en convertirse al islam y declaró la yihad contra las tribus vecinas e inició un extenso período de conquista. Luego de consolidar su territorio alrededor del lago Chad invadieron Fezzán (Libia) al norte y las tierras de Hausa (Nigeria) al oeste.
Esta expansión tuvo como objetivo el proteger las rutas de mercadeo hacia el norte. Al crecer el mercadeo creció también el imperio kanuri. A cambio de telas, sales, minerales y esclavos, los kanuri recibieron cobre, armas de fuego y caballos. Al punto de mayor poderío, los kanuri controlaron una parte grande y estratégica del norte de África. Todas las rutas de mercadeo en el norte de África debían pasar por este territorio. La cultura de los kanuri cambió al crecer su riqueza.
Gradualmente cambiaron su vida nómada por una sedentaria con centros urbanos, tales como Njimi, la primera capital del imperio.
Tras la muerte de Dunama Dibbalemi, disputas internas comenzaron a dañar gravemente al imperio. Sin embargo, a principios del siglo XV, la dinastía Sewufa se reorientó de Kanem a Bornu, un reino al oeste del lago Chad. El imperio tardó 150 años en recuperar su estabilidad. El reinado del Mai Ali Gaji (1497-1515) acabó con la división interna del imperio. Sus fuerzas recapturaron la antigua capital Njima de la rebelde dinastía Bulala, pero estableció una nueva capital en Ngazargamu.
Esta revitalización coincidió con el colapso del Imperio Songhai, creando una afortunada oportunidad para Kanem-Bornu.
Durante el reinado del Mai Idris Alooma (1580-1617) los kanuri crecieron en poder lo suficiente como para restablecer su autoridad en las tierras de Fezzan y Haussa con un ejército equipado con mosquetes provistos por los otomanos. Idris Alooma fue otro ferviente musulmán y vio su posición como una misión de esparcir el islam en África y lanzó jihads internos para convertir. Él impuso los cimientos politicoadministrativos para los últimos 250 años del imperio.
Cuando el imperio finalmente colapsó en los años 1840 había sido desafiado por el creciente poder del Imperio Fulani al oeste durante muchos años. La llegada de los poderes coloniales significó el remate final. El imperio fue absorbido por el reino Wadai en 1846.
